El área de Contabilidad y Presupuesto de la Universidad Nacional del alto Uruguay, es la encargada de administrar y contabilizar por partida doble los ingresos y egresos, a los fines de dar respuesta de forma mensual a las presentaciones de ejecución presupuestaria solicitada por la secretaria de Políticas Universitarias, además cumplir con los cierres semestral y anual (cuentas de inversión y Estados Contables) a la Contaduría General de la Nación.

También elabora, en base a lo ejecutado el proyecto de Presupuesto para cada ejercicio fiscal y cumple con la tarea de asesorar y dar respuestas a las demás áreas en los diferentes hechos económicos y financiero que puedan afectar al patrimonio de la Universidad.