La Universidad Nacional del Alto Uruguay se encuentra organizada en tres Departamentos dentro de los que se encuentran las distintas carreras. El Departamento de Ciencias Humanas y Sociales es responsable de la carrera de Licenciatura en Administración de Negocios, el Departamento de Ciencias de la Salud es responsable de las carreras de Licenciatura en Nutrición, Licenciatura en Kinesiología y Fisiatría y de la Tecnicatura Universitaria en Instrumentación Quirúrgica, finalmente el Departamento de Ciencias Aplicadas es responsable de la Tecnicatura Universitaria en Desarrollo Agropecuario.